Entre 1956 y 1962 se levanta la barriada de Pío XII, nombre que le vino con motivo del fallecimiento del Papa, en los terrenos que comprendían las Huertas del lavadero Grande y de la Cofradía, Yesca y Lavadero Chico. Su nomenclatura se basa en nombres de flores, siendo la mayoría construcciones de 4 plantas.
A principios de la década de los 60, acorde con el nacimiento de nuevas barriadas en la ciudad de Sevilla, tiene lugar la construcción de iglesias, con la peculiaridad de abandonar las formas tradicionales con las que se levantaron los templos, dejándose sólo ciertos recuerdos basilicales en las plantas.
Este es el caso de la Parroquia de Santa María de las Flores y San Eugenio Papa en el barrio de Pío XII, obra de Fernando Barquín y Barón, supone la primera (1958-1963) en esta línea de investigación y experimentación en la construcción.
De hecho, la misma fue erigida el 23 de diciembre de 1961, durante el pontificado de Juan XXIII, nombrando el arzobispo José María Bueno Monreal a Joaquín Begines Moguer como primer párroco el 12 de julio de 1962, estando aún hoy con este cargo, aunque de forma emérita. El templo se bendijo el 2 de marzo de 1963, en memoria del Papa Pío XII (Eugenio Maria Giuseppe Giovanni Pacelli).
En 1.965, con motivo de las Misiones Generales y organizadas por el Cardenal Bueno Monreal, nuestra Señora del Mayor Dolor en su Soledad, Titular de la Hermandad de La Carretería, fue llevada en andas desde su iglesia del barrio del Arenal hasta la Parroquia de San Eugenio y Santa María de las Flores, de la barriada de Pio XII, donde permaneció varios días. La Hermandad descubrió en el 2006 un azulejo conmemorativo en la parroquia por aquella efeméride.
Esta iglesia se encuentra con la calificación de «Elemento Arquitectónico protegido» dentro del territorio municipal exterior al Conjunto Histórico, dentro de «Protección Especial: Ámbitos y elementos con valores singulares». Concretamente su ficha es la CP22 y tiene un grado de protección C de reordenación urbanística. Destaca el magnífico jardín que preside a la parroquia, creado por Antonio Jiménez Gallego y el campanario metálico coronado por la Cruz de gran altura.
A mediados de los 90 del siglo XX, se crea una Fundación que tiene por objeto la acogida y atención, sin ánimo de lucro, a las personas mayores o ancianos, preferentemente feligreses de las Parroquias del Arciprestazgo en el que está enclavada la Parroquia y que la necesiten por razones físicas o morales, proporcionándoles un ambiente de hogar.
Por esta Fundación, en 1997, La residencia de ancianos de San Eugenio, recibió los permisos de la gerencia de urbanismo para convertirse en una realidad. Cuenta con 19 habitaciones con capacidad para treinta ancianos, en terrenos donados por el Real Patronato, junto a la parroquia. Igualmente existe junto a la residencia una guardería El 5 de diciembre de 1998 se inauguraba la misma de la mano de Fray Carlos Amigo Vallejo, Arzobispo de Sevilla.
El 31 de mayo de 2009, Monseñor Asenjo Pelegrina, arzobispo de Sevilla, visitó la parroquia de Santa María de las Flores y San Eugenio Papa, visitó la parroquia por primera vez. En el año 2012, se han cumplido los 50 años de párroco de D. Joaquin Begines, por lo cual se le ha nombrado párroco emérito del templo, mientras que el párroco actual es D. Ignacio Jiménez Sánchez-Dalp.